A história recomeça três anos depois, em Abril de 2002. T.K e Kari, agora com 11 anos, começam o 5º ano quando são novamente chamados ao dever. No entanto, como os mais velhos estão demasiado ocupados, entre a escola, clubes e vida pessoal, três novas Crianças Escolhidas surgem - Davis, Yolei e Cody.
Forma-se então um novo grupo de digiescolhidos, e embora os mais velhos (em especial Izzy e Tai) deêm uma mãozinha de vez em quando, tem um papel definitivamente secundário na história.
O inimigo desta vez é o auto-proclamado Imperador Digimon, um rapaz que ambiciona escravizar e dominar os digimons com a ajuda das suas Torres Negras, que impedem os digimons de digievoluir. Com a descoberta dos digiovos, o problema soluciona-se, e então as Crianças começam a destruir as Torres, uma após outra.